Die Geschichte der Franziskaner-Minoriten in Flüeli ist eng verknüpft mit dem „Juvenat“ – und beginnt eigentlich in Pensier bei Fribourg. Dort hatte die Schweizer Ordensprovinz 1950 ein Seminar errichtet, das aber bald zu wenig Platz für die steigende Schülerzahl bot. So erwarb man 1962 in Grundstück in der Innerschweiz, genauer gesagt in Flüeli-Ranft, dem Gebiet, aus dem auch die meisten Schüler stammten. Etliche Jahre zogen ins Land bis dort der Schulbau abgeschlossen war, aber im Herbst 1971 konnte endlich der Unterrichtsbetrieb anlaufen. Als auch hier der Platz zu klein wurde, entschloss man sich Mitte der 80er-Jahre zu einer Erweiterung. Aufgrund verschiedener Faktoren nahm im nächsten Jahrzehnt die Zahl der Schüler allerdings kontinuierlich ab, und aus finanziellen Gründen und eigenem Nachwuchsmangel sah sich der Orden gezwungen, das bisherige Juvenat 1998 zu schließen. Nach verschiedenen Überlegungen wurde daraufhin die „Stiftung Juvenat der Franziskaner“ gegründet und im Januar 1999 in ihrer Trägerschaft eine staatlich anerkannte Einrichtung der stationären Jugendhilfe in Betrieb genommen. Hier will man, so das Leitbild des neuen Juvenats, „Jugendlichen mit sozialen Defiziten optimale Entwicklungsmöglichkeiten bieten“. Ein transdisziplinär zusammengesetztes Team aus Pädagogen, Psychologen, Systemtherapeuten und Theologen kümmert sich um die Schüler, die an öffentlichen Schulen sonst keine Aufnahme mehr finden würden. Heute ist die Einrichtung komplett ausgebucht und erfreut sich eines guten Ansehens.
Die beiden Brüder vor Ort, Br. Klaus Renggli und Br. Xavier Tachel, sind mittlerweile im Pensionsalter und nicht mehr aktiv in das Juvenatsleben eingebunden. Wohl aber nehmen sie ihre Vertretungsaufgaben gegenüber der Trägerstiftung wahr und begleiten mit Hingabe ehemalige Schüler des Juvenats, die nach wie vor Kontakt zu den Brüdern suchen. Die beiden Schweizer Brüder kümmern sich um die Seelsorge in der Klosterkirche und übernehmen zahlreiche Aushilfen in der Umgebung. In einigen Gästezimmern nehmen sie gerne Besucher auf, v. a. Mitbrüder und langjährige Bekannte. Von Flüeli aus wird auch die Herausgabe der „Franziskanischen Botschaft“ verantwortet, der Zeitschrift der Franziskaner-Minoriten in der Schweiz.
Größeren Bekanntheitsgrad hat Flüeli natürlich als Schweizer Wallfahrtsort durch Nikolaus von Flüe, „Bruder Klaus“: der 1487 verstorbene Einsiedler und Schutzpatron der Schweiz hat hier in der Gegend gewirkt. Die Kapellen im Ranft, sowie sein Geburts- und sein Wohnhaus ziehen bis heute viele Pilger an – 1984 kam gar der damalige Papst Johannes Paul II.